按照《国家重点实验室建设与运行管理办法》的要求，2013年科技部对“低维量子物理国家重点实验室”等29个实验室的建设计划完成情况分别组织专家进行现场验收。验收专家组认为，这些实验室在凝练研究方向、条件建设、队伍建设、运行管理和制度建设、开展科学研究等方面做了大量工作，取得了重要进展，完成了建设计划任务书规定的各项指标，符合国家重点实验室总体要求，能按照相应的管理办法正常运行。科技部对验收专家组的意见进行了认真研究，决定批准包括流程工业综合自动化在内的29个实验室通过验收，并于12月30日在科技部网站发布。
2013年通过验收的29个
国家重点实验室名单
| 序号 | 实验室名称 | 依托单位 | 主管部门 |
| 1 | 低维量子物理国家重点实验室 | 清华大学 | 教育部 |
| 2 | 发光材料与器件国家重点实验室 | 华南理工大学 | 教育部 |
| 3 | 分子发育生物学国家重点实验室 | 中国科学院遗传与发育生物学研究所 | 中国科学院 |
| 4 | 复杂系统管理与控制国家重点实验室 | 中国科学院自动化研究所 | 中国科学院 |
| 5 | 钢铁冶金新技术国家重点实验室 | 北京科技大学 | 教育部 |
| 6 | 高温气体动力学国家重点实验室 | 中国科学院力学研究所 | 中国科学院 |
| 7 | 高性能复杂制造国家重点实验室 | 中南大学 | 教育部 |
| 8 | 硅酸盐建筑材料国家重点实验室 | 武汉理工大学 | 教育部 |
| 9 | 旱区作物逆境生物学国家重点实验室 | 西北农林科技大学 | 教育部 |
| 10 | 核探测与核电子学国家重点实验室 | 中国科学院高能物理研究所;中国科学技术大学 | 中国科学院 |
| 11 | 荒漠与绿洲生态国家重点实验室 | 中国科学院新疆生态与地理研究所 | 中国科学院 |
| 12 | 机械结构力学及控制国家重点实验室 | 南京航空航天大学 | 工业和信息化部 |
| 13 | 计算机体系结构国家重点实验室 | 中国科学院计算技术研究所 | 中国科学院 |
| 14 | 理论物理国家重点实验室 | 中国科学院理论物理研究所 | 中国科学院 |
| 15 | 流程工业综合自动化国家重点实验室 | 东北大学 | 教育部 |
| 16 | 流域水循环模拟与调控国家重点实验室 | 中国水利水电科学研究院 | 水利部 |
| 17 | 煤矿灾害动力学与控制国家重点实验室 | 重庆大学 | 教育部 |
| 18 | 生命分析化学国家重点实验室 | 南京大学 | 教育部 |
| 19 | 生物地质与环境地质国家重点实验室 | 中国地质大学（武汉） | 教育部 |
| 20 | 生殖医学国家重点实验室 | 南京医科大学 | 江苏省科技厅 |
| 21 | 水利工程仿真与安全国家重点实验室 | 天津大学 | 教育部 |
| 22 | 天然药物活性物质与功能国家重点实验室 | 中国医学科学院药物研究所 | 国家卫生和计划生育委员会 |
| 23 | 天然药物活性组分与药效国家重点实验室 | 中国药科大学 | 教育部 |
| 24 | 微生物代谢国家重点实验室 | 上海交通大学 | 教育部 |
| 25 | 细胞生物学国家重点实验室 | 中国科学院上海生命科学研究院 | 中国科学院 |
| 26 | 心血管疾病国家重点实验室 | 中国医学科学院阜外心血管病医院 | 国家卫生和计划生育委员会 |
| 27 | 信息光子学与光通信国家重点实验室 | 北京邮电大学 | 教育部 |
| 28 | 有机无机复合材料国家重点实验室 | 北京化工大学 | 教育部 |
| 29 | 真菌学国家重点实验室 | 中国科学院微生物研究所 | 中国科学院 |
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